黑竹沟得天独厚的地形地貌气候植被，孕育着丰富的珍禽异兽。沟内约有国家一、二级重点保护的野生动物二十九种，一级保护动物有大熊猫、羚牛、云豹、四川山鹧鸪；二级保护动物有猕猴、小熊猫等二十四种。这些动物具有重要的科学研究价值，又具有很高的文化观赏价值。极其宝贵。除此之外还有许多的种类，它们体态优美、色彩艳丽，鸣声婉悦。兽走禽飞，鸟语花香，蝶飞蝉鸣，一派诗情画意。

黑竹沟地区植被呈垂直带谱分布。其中，海拔1600米—2700米的珙桐是国家一级重点保护植物，树形优美，花序下有两片白色大苞片，花开时整个花序象一只展翅欲飞的白鸽，故有“世界鸽子树”的美称。生长于海拔1500米—2400米的光叶珙桐，仅存于我国，是世界着名的活化石植物，具有较高的观赏价值。沟内还拥有19种我国稀有或特有的珍贵植物。

黑竹沟地区的杜鹃花，花色艳丽多彩，种类达四十多种，面积上万亩，为世界之冠。其中有两种为我国新发现的品种。